تقع هذه الكنيسة في وسط الصحراء الغربية وإلى الجنوب الغربي من مدينة كربلاء المقدسة بحوالي 65 كلم وعلى بعد 7 كلم إلى الشمالي الشرقي من حصن الأخيضر التاريخي الشهير، وإلى الجنوب من مدينة عين التمر بمسافة 15 كلم.

وتعد هذه الكيسة أحد أقدم الكنائس الموجودة في العراق والشرق الأوسط. وأن أهم ما يميز موقعها هو وجود وادي الأبيض الذي كانت تغذيه مياه الأمطار والسيول في فصل الشتاء.

وأن كنيسة الأقيصر هي ضمن مجمع عدة مباني تدعى بكنائس القصير، وأن تسميتها بالأقيصر لعلها تصغير كلمة «الأقصر» لوجود عدة قصور تاريخية في هذه المنطقة، منها قصر (حصن) الأخيضر وقصر البردويل وقصر شمعون.

وكان الموقع الذي شيدت فيها هذه الكنيسة مدينة متكاملة تسخر بالحياة  قبل الإسلام، وأن أغلب سكانها كانوا من المسيحيين.

ومن الآثار الموجودة في هذه الكنيسة في الوقت الحاضر رسوم متعددة  لاشكال مختلفة للصليب وتوجد على جدرانها كتابات آرامية تعود إلى القرن الخامس الميلادي حسب ما ذكرته بعض الدراسات التي قام بها عدد من الباحثين والآثاريين.

وتوجد ضمن الآثار القريبة من هذه الكنيسة والتي تبعد عنها بحوالي  20 مترا مجموعة من المقابر قسم منها يعود إلى رهبان الكنيسة ورجال دينها الذين كانوا يقدمون تعاليمهم وخدماتهم. والقسم الآخر لهذه المقابر تعود لعامة الناس من المسيحيين الذي دفنوا في هذه المقبرة . وقد شيدت هذه المقابر من الحجر والجص وكسيت جدرانها من الداخل بالجص الأبيض.

ويحيط بالكنيسة سور شيد من الطين وتوجد في أركانها الأربعة أبراج، ويوجد في السور خمسة عشر بابا للدخول تعلوها الأقواس الدائرية، ويبلغ طول بناء الكنيسة ستة عشر مترا وعرضها أربعة أمتار، وقد شيدت من الطابوق (الآجر) والطابوق الفرشي والجص.

وكانت هذه الكنيسة مقصدا للزوار المسيحيين الكلدانيين وفي مناسبات معينة وعلى مدى قرون عدة كانت هذه المنطقة من الأماكن المقدسة لدى المسيحيين.

وقد تعرضت هذه الكنيسة إلى التشويه والخراب من قبل عساكر نظام صدام المقبور، حيث اتخذ موقع الكنيسة مكانا لتدريب عساكر النظام المباد قبل عام 2003م، وتعرضت كذلك بعد سقوط النظام إلى عمليات نهب طالت حتى القبور التاريخية لهذه الكنيسة طمعا بالعثور على كنوز من ذهب وفضة وأحجار كريمة، بالإضافة إلى التخريب الناتج عن العوامل البيئية والاهمال الذي طالها لسنوات طويلة من دون القيام بصيانتها وترميمها